Misją Fundacji trzeci.org jest działalność na rzecz rozwoju społeczeństwa obywatelskiego oraz współpracy międzysektorowej, wzmocnienie potencjału III sektora i tworzenie przyjaznych warunków dla działalności społecznej poprzez zapewnienie dostępu do praktycznych informacji na temat zasad działania sektora, wsparcie ekspertów zajmujących się doradztwem, szkoleniami i badaniami organizacji pozarządowych oraz oddziaływanie na podmioty i środowiska otoczenia ekonomii społecznej.